X11IRAFの全部は必要なく、Cygwin版のxgtermだけを欲しいという場合は、
http://iraf.net/ftp/pub/fitz/xgterm.cygwinとして入手できます。
インストールは簡単で、入手したファイルをpathの通った場所(/usr/local/bin) に置いて、実行可能にし、さらにxgtermという名前で使えるようにシンボリック リンクを張るだけです。 つまり以下のようにします。
$ cp /tmp/xgterm.cygwin /usr/local/bin $ cd /usr/local/bin $ chmod 755 xgterm.cygwin $ ln -s xgterm.cygwin xgterm