まずは入手したファイルをどこか適当な場所で展開します。
たとえば
$ tar xvfz /tmp/x11iraf-v2.0BETA-bin.cygwin.tar.gzのようにすると、幾つかのファイルとディレクトリが出てきます。
このうちのREADME.installにインストールの方法が書いてあるので、 それに準じて行うとすれば、以下のようになります。
$ mv bin.cygwin/* /usr/local/bin # for the binaries $ mv lib.cygwin/* /usr/local/lib # for the CDL library $ mkdir /usr/local/include $ mv include/* /usr/local/include # for CDL include files $ mkdir /usr/lib/X11/app-defaults $ mv app-defaults/* /usr/lib/X11/app-defaults # app resource defaults $ mkdir -k /usr/man/man1 $ mv man/* /usr/man/man1 # man pagesREADME.installと少し違うのはデフォールトで存在していないディレクトリを mkdirコマンドで作っている部分ですが、そもそも3行目以降は必要ないのではな いか?と思います (試しに省略して見てください)。
また、これだけではman pageを参照できません (マニュアルのPATHが設定されて いないか、そもそもmanコマンドがインストールされていない?)。
さらに、ホームディレクトリの.bashrcに、好みあるいは必要に応じて
alias xgterm='xgterm -sb -fn 7x14 -bg black -fg white -g 80x40'というような行を加えておくと良いと思います。
これで、IRAF用の端末としてxgterm、また画像ブラウザとしてximtoolが使えるようになります。