IRAFを効率良く使用するためには、IRAFの機能を有効に使える端末エミュレータ が必要です。端末エミュレータとしては、X11IRAFパッケージに含まれるxgtermが標準的です。Cygwin版のX11IRAFは版がリリースされています。
X11IRAFには、xgtermの他にもximtoolというFITS画像ブラウザなど のIRAF用のユーティリティも含まれています。