Cygwinを使用する場合に気をつける、あるいは留意しておくべきことはCygwinの バージョンである。Cygwinは割合に頻繁に更新されているが、最新版を追いかけ ることは必ずしも得策でないかもしれない。場合によっては、最新版が不安定で 使用に支障を来す場合もある(最近はかなり安定しているようであるが)。
また、たとえば、Cygwin の端末と同時にds9 が使えないことがあるが、これも
おそらく多くの場合、cygwin1.dll のバージョンの差のためであろう。もしも、
Cygwin環境とds9が、同時でなければ使用できると言う場合は、Cygwinのinstall
されたディレクトリ(デフォールトではc:\cygwin\bin)から、cygwin1.dllを
ds9のinstallされたディレクトリにコピーしてやることで解決できる場合が多い。