DS9を置いているサイトは複数あるようですが、 ftp://sao-ftp.harvard.edu/pub/rd/ds9/linux/で最新版のバイナリが 入手できます。2003年7月21日現在の最新版はds9.linux.3.0b4.tar.gzです。
SAOimage DS9のホームページ(http://hea-www.harvard.edu/RD/ds9/)から も取得できますが、少し前のバージョンになるようです。