Cygwinが起動しているとSAOimage DS9が起動しない場合があります。 これは、多くの場合Cygwinのディレクトリc:\cygwin\bin中の cygwin1.dllと、DS9のインストールディレクトリ (c:\Program Files\ds)中のcygwin1.dllのバージョンが異なって いるためです。
c:\cygwin\bin
c:\Program Files\ds
どちらか新しい方に統一してやればOKだと思われます。