ハードウエアに余裕がある場合のより安易な（ある意味で）グラフィックの実現 はX11R6 のIntel 版XFree86 の利用を利用することである。Cygwin版のXFree86 は基本的にLinux, FreeBSD 版と同じものと考えて差し支えないようである。
また、初期のバージョンではCygwinの上にXの環境を構築するのは少し面倒であっ たが、現在では非常に容易にinstallできるようになっている。
Cygwin の標準install （default) ではXFree86はinstall されないが、パッケー ジ選択の画面で、ｆvwmなどのウインドウマネージャを選択すると最小限必要な ものが自動的に選択install される。デフォールト でinstall されないものは 必要に応じて 追加install やソースからの構築が可能（多分）であろう。
もちろんPGPLOTも使える。PGPLOTのinstallは、UNIX/Linuxの上でのinstallと基本的に同じである。